Ksantaankummi tuumaks on selle polüsahhariidi ahel; selle selgroog koosneb glükoosiühikutest, mis on omavahel seotud -1,4 glükosiidsidemetega, moodustades pika lineaarse ahela. Selle selgroo lineaarne struktuur loob stabiilse karkassi kogu molekulile, võimaldades sellel säilitada oma molekulidevahelist paigutust ja struktuurset terviklikkust vesilahustes. Just see stabiilne selgroog võimaldab ksantaankummil isegi madalatel kontsentratsioonidel avaldada märkimisväärset viskoossust ja suurepäraseid reoloogilisi omadusi. Seda selgroogu mööda spetsiifilistest glükoosiühikutest ulatudes on ksantaanimolekulil trisahhariidi kõrvalahelad, mis koosnevad mannoosist, glükuroonhappest ja mannoosist. Nendes külgahelates sisalduvad glükuroonhappe jäägid kannavad karboksüülrühmi (–COOH), mis võivad moodustada sooli metalliioonidega, -nagu naatriumi-, kaaliumi- või kaltsiumiioonidega, muutes seeläbi ksantaanhappe ksantaankummiks. Need külgahelad mitte ainult ei paranda molekuli steerilist struktuuri ja lahustuvust, vaid annavad ka ksantaankummi mitte-Newtoni vedeliku omadustega; see tähendab, et selle lahustel on segamis- või nihkejõududega kokkupuutel suurem voolavus, kuid säilib konsistents ka seismisel.
Ksantaankummi karboksülaatrühmad on selle molekulaarse funktsionaalsuse jaoks kesksel kohal. Moodustades metalliioonidega ioonsidemeid, omandab ksantaankummi vastupidavuse hapete, aluste ja soolade suhtes ning teatud määral termilist stabiilsust. Need soolarühmad tugevdavad molekuli stabiilsust vesikeskkonnas, võimaldades sellel säilitada oma kolloidset struktuuri keerulistes tingimustes, pakkudes samal ajal mitmesuguseid funktsioone, sealhulgas emulgeerimist, suspendeerimist ja paksendamist. Järelikult toimib ksantaankummi samaaegselt polümeerse polüsahhariidina ja funktsionaalse soola-põhise materjalina, millel on märkimisväärne väärtus ja kasutusala toidu-, farmaatsia-, kosmeetika- ja tööstussektoris.
